Giúp UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên đất, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, môi trường - khí tượng thuỷ văn và đo đạc - bản đồ trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật. Sở Tài nguyên và Môi trường chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức biên chế và công tác của UBND tỉnh Hà Giang, đồng thời chịu sự chỉ đạo,kiểm tra chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Tài nguyên và Môi trường.